Oprati spoljne genitalije sapunom i vodom. Uzorkovati prvi jutarnji urin tako što će se prvi mlaz urina ispustiti, a zatim uzeti srednji mlaz ili barem 4 sata zadržanog urina u mokraćnoj bešici.
Kod male dece urin za urinokulturu se uzima iz kesice koja se postavlja posle pažljive toalete. Ukoliko u roku od 2 sata dete ne urinira smatra se da je kesica kontaminirana i postavlja se nova.
Kod uretrokutane stome, 70% alkoholom se dezinfikuje otvor stome, aseptički uvesti kateter u stomu te uzeti uzorak urina u sterilnu posudu.
Urin iz katetera se uzima tako što se mesto na kateteru dezinfikuje 70% alkoholom, a zatim se iglom aspirira 5-10ml urina.